En el nivel licenciatura en la unidad se oferta a partir del 2003 la licenciatura en Intervención Educativa (LIE) con dos líneas específicas: Gestión Educativa y Educación Inicial, cabe precisar que a partir de la firma del Acuerdo de la SEP publicado en el Diario Oficial de la federación con fecha 25 de junio de 2001, este es el único programa dirigido a bachilleres.
Respecto al Posgrado en la UPN unidad Mexicali, la Maestría en Educación Campo Formación Docente, fue pionera en esta región ofreciendo la oportunidad al magisterio de profesionalizarse, en este campo específico, hasta el 2014 habían egresado 21 generaciones.
De igual manera la Maestría en Educación Ambiental se convirtió desde 1993 en otra opción para quienes buscaban desempeñarse en ese ámbito educativo, siendo el propósito de este programa educativo aportar soluciones desde el contexto educativo a la problemática ambiental actual.
En los años recientes esta unidad ha incrementado su oferta a nivel posgrado ofreciendo: la especialización en estudios de género en educación, la Maestría en Educación Básica 2011 y la Maestría en Educación Media Superior en 2015, todos estos impulsan la profesionalización de los docentes en los ámbitos mencionados.
Además, a inicios del 2016 se inició el programa de Doctorado en Desarrollo Educativo con Énfasis en Formación de Profesores, éste último con impacto regional. Dado que desde el diseño de la LIE-2002 se estableció que el enfoque de los Programas Educativos (PE) de UPN sea en competencias, es por lo cual los PE a nivel posgrado están diseñados conforme el sistema curricular modular y el enfoque en competencias.
Es importante destacar que cada uno de los programas educativos tiene asignado una coordinación la cual, en el caso de la licenciatura, depende directamente de la subdirección académica, mientras que las coordinaciones de los programas educativos del nivel posgrado se relacionan directamente con la dirección de la Unidad.
